Zu einer guten Wasserqualität gehört, dass es frei von krankheitserregenden Bakterien wie Salmonellen, Clostridien und E.Coli-Bakterien ist. Auch wenn nicht alle Bakterien krankheitserregend sind, belasten sie den Organismus, da die Keime entgiftet und aus dem Körper ausgeschieden werden müssen. Stoffwechselstress reduziert wiederrum das Wohlbefinden der Sauen. Regelmäßige Untersuchungen geben einen guten Überblick über die chemische und biologische Qualität des Wassers. Wasseruntersuchungen sollten auch Aufschluss über die Eisengehalte im Tränkewasser geben. Sind sie zu hoch, können mit Hilfe einer Enteisungsanlage Verfärbungen, Ablagerungen und Geschmacksveränderungen des Wassers vermieden werden, sodass das Risiko für eine Ansiedlung von Mikroorganismen aufgrund von Eisenhydroxid-Belägen verringert und die Wasseraufnahme durch die Tiere gesteigert wird.
Auch die im Stall verwendete Tränketechnik kann Einfluss auf die Wasserqualität haben. Schlechte Wasserwerte können beispielsweise auch durch offene Beckentränken entstehen, wenn diese nicht regelmäßig überprüft und bei Bedarf gereinigt werden.
Im Problemfall kann eine Wasserhygienisierungsanlage (z.B. Chlordioxidanlage) Abhilfe schaffen, indem die Leitungen regelmäßig gespült und damit gereinigt werden. Dadurch kann die Belastung des Tränkwassers mit unerwünschten Stoffen verringert und das Risiko für Erkrankungen und Stoffwechselstress reduziert werden.